Trafikstyrelsen foretager opfølgning af kontrakten mellem Trafikstyrelsen og Danske Færger A/S om AlsFærgens sejlads på ruten Bøjden-Fynshav.
Trafikstyrelsen overvåger løbende AlsFærgens regularitet, trafikomfang og belægning på overfarten, ligesom Trafikstyrelsen gennemfører lejlighedsvise inspektioner på færgen. Trafikstyrelsen godkender taksterne og sikrer, at billetpriserne ikke overstiger det niveau, der er fastsat via kontrakten.