Trafikstyrelsen foretager opfølgning af kontrakten mellem Trafikstyrelsen og SamsøFærgen.
Trafikstyrelsen overvåger løbende SamsøFærgens regularitet og belægningen på overfarten, ligesom Trafikstyrelsen gennemfører lejlighedsvise inspektioner på færgen. Trafikstyrelsen godkender taksterne og sikrer, at billetpriserne ikke overstiger det niveau, der er fastsat via kontrakten.