Trafikstyrelsen har udsendt sin første bekendtgørelse. Emnerne er baneafgifter og miljøtilskud. Bekendtgørelsen trådte i kraft den 1. januar 2004.
Et væsentligt formål med oprettelsen af Trafikstyrelsen er at samle statens myndighedsopgaver på jernbaneområdet i én styrelse. To myndighedsopgaver, som nu ligger hos Trafikstyrelsen, er fastsættelsen af baneafgifter og fastsættelsen af miljøtilskud til godstransport på jernbane. Tidligere blev disse opgaver varetaget af Trafikministeriets departement.
Den nye bekendtgørelse fastsætter for det første størrelse og vilkår for betaling af afgift for brug af jernbanen. Bekendtgørelsen fastsætter for det andet størrelse og vilkår for miljøtilskud til godstransport på jernbane. Banestyrelsen er ansvarlig for at opkræve baneafgifterne og udbetale miljøtilskuddet. Bekendtgørelsen fastsætter for det tredje hvilke opgaver Banestyrelsen har i den sammenhæng.
Trafikministeriet har implementeret dele af direktiv 2001/14/EF i dansk ret. Direktivet indgår i EU's jernbanepakke I og har påvirket indholdet i bekendtgørelsen. Det er direktivet, der fastslår, at den grundlæggende baneafgift - kilometerafgiften - skal fastsættes "som de kortsigtede marginal-omkostninger, som statens jernbaneinfrastruktur påføres ved et gennemsnitligt togs kørsel på jernbaneinfrastrukturen". En anden konsekvens af direktivet er, at der ikke længere opkræves en kilometeruafhængig adgangsafgift.