Formålet med systemdefinitionen er at beskrive og afgrænse det system, der skal risikovurderes. Systemdefinitionen fastlægger systemets formål, funktioner, elementer, grænser, grænseflader, drifts- og miljøforhold samt de forudsætninger, der afgrænser risikovurderingen.

Systemdefinitionen dokumenterer desuden eksisterende sikkerhedsforanstaltninger og de sikkerhedskrav, der identificeres gennem risikovurderingsprocessen. Den danner dermed grundlag for vurderingen af, hvordan jernbanesikkerheden påvirkes, når ændringen er gennemført.

En systemdefinition skal beskrive det nye eller ændrede delsystem, der ønskes taget i brug.  Den skal afgrænse systemets formål, funktioner, grænseflader samt eksisterende sikkerhedsforanstaltninger og sikkerhedskrav.

Systemdefinitionen skal desuden beskrive grænsefladerne til andre delsystemer i det samlede jernbanesystem samt, når det er relevant, grænsen mellem jernbanesystemet og omgivelserne. Den bør også angive systemets drifts- og miljøforhold, samt de forudsætninger, der afgrænser risikovurderingen.

De nye eller ændrede sikkerhedskrav, som identificeres gennem den iterative risikovurderingsproces, skal efterfølgende indarbejdes i systemdefinitionen eller fremgå af en tydeligt refereret kravspecifikation.