Københavns Borgerrepræsentation og et flertal i Folketinget tilsluttede sig i efteråret 2018 ”Principaftale om anlæg af Lynetteholmen”. Det blev her besluttet, at By & Havn som første skridt skal gennemføre en VVM-undersøgelse af etableringen af Lynetteholmen.
Denne VVM-undersøgelse forudsætter, at Københavns Havns søområde omfatter hele det område, hvor Lynetteholmen tænkes at blive anlagt. På den baggrund har Trafik-, Bygge- og Boligstyrelsen udvidet søområdet med bekendtgørelsen. I bekendtgørelsen gives der ikke en hjemmel til selve anlægget af Lynetteholmen.